Les intestins, depuis l’estomac jusqu’au colon, sont recouverts d’une membrane interne qu’on appelle épithélium. Cette paroi intestinale est colonisée par un ensemble de micro-organismes, comprenant notamment un grand nombre de bactéries (lactobacilles, bifidobactéries) qui cohabitent en harmonie, et qui constituent le microbiote intestinal. L’intestin n’est pas le seul organe à posséder un microbiote. C’est également le cas par exemple des organes géniaux (microbiote génital) ou de la bouche (microbiote buccal), mais tous ont leurs propres caractéristiques en termes de composition, ce qui leur confère des fonctions spécifiques. Et même la composition de la flore intestinale varie en fonction des segments de l’intestin. C’est ainsi que les nutriments ne sont pas tous digérés au même endroit ni de la même façon. À chaque région intestinale ses spécificités.

Cette flore microbiotique intestinale a un rôle dans la digestion des aliments, ainsi que dans la protection contre des agents pathogènes (qui peuvent nous rendre malades).

La composition du microbiote évolue tout au long de la vie afin de maintenir un bon équilibre fonctionnel. De nombreux facteurs peuvent cependant le perturber et provoquer des déséquilibres à l’origine d’inconforts intestinaux. C’est le cas de la prise d’antibiotiques, car en détruisant certains types de bactéries, ils modifient la composition du microbiote (certaines espèces deviennent plus présentes que d’autres, rompant l’harmonie du microbiote). Les laxatifs, un excès de sécrétion d’acides gastriques, la consommation excessive d’alcool ou encore l’alimentation bien sûr, peuvent eux aussi déséquilibrer la flore intestinale et avoir des conséquences désagréables en termes de digestion et de protection.

Pour résumer, l’action des probiotiques, et plus généralement de toute la flore qui règne en symbiose, impacte la digestion et le fonctionnement de l’intestin. C’est tout « l’équilibre intestinal » qu’ils aident à maintenir. D’où l’intérêt de veiller à un bon équilibre microbiotique. À défaut peuvent se manifester des crampes d’estomac, des spasmes, des ballonnements, un ralentissement digestif, et toute sorte de gênes abdominales.

La structure de l’épithélium joue également un rôle important dans le confort intestinal. En effet, l’immense surface de la muqueuse qui recouvre l’intérieur des intestins est composée de cellules qui sont jointes, collées entre elles par ce que l’on appelle des jonctions serrées. Elles ont un rôle de filtre, ou de barrière, afin de ne laisser passer sélectivement que les nutriments et d’éviter la pénétration des microorganismes pathogènes. C’est une frontière intérieure – extérieure.
Inversement, une anomalie dans l’étanchéité de cette barrière, ce qui signifie une ouverture des jonctions serrées (on parle de perméabilité intestinale), permet à des molécules étrangères de pénétrer et de provoquer des dysfonctionnements dans l’organisme, à commencer par des inconforts digestifs.
Là encore, certains facteurs peuvent favoriser cette perméabilité, comme le stress, les infections ou les allergènes.